Universitas Muhammadiyah Makassar didirikan oleh Pemimpin Wilayah Muhammadiyah Sulawesi Selatan dan Tenggara sebagai hasil karya Panitia Pendiri yang dibentuk pada Musyawarah Wilayah Sulawesi Selatan dan Tenggara ke 24 di Kabupaten Watan Soppeng pada tanggal 5 September 1962, dengan Fakultas Ilmu Penelitian. Pada tahun 1966 – 1967, Universitas Muhammadiyah Makassar memindahkan Pusatnya ke Makassar dengan menempati gedung Sekolah China yang pada tahun 1966.

Dalam perkembangannya, Universitas Muhammadiyah Makassar memulai pembinaannya dengan dua Fakultas yakni Fakultas Ilmu Pendidikan yang kurikulumnya mengacu IKIP (sekarang Universitas Negeri Makassar ), dan Fakultas Agama Islam denagn kurikulum IAIN (sekarang UIN). Kedua Fakultas tersebut membuka cabang berbagai Kabupaten di Sulawesi Selatan. Untuk cabang Fakultas Ilmu Pendidikan di Kabupaten Bone, Bulukumba, Sidrap, Enrekang, dan kotamadya Pare – pare, cabang Fakultas Tarbiyah di Kabupaten Jeneponto, Sinjai, Enrekang, Maros, dan Pangkep. Di Kotamadya Makassar, membuka Fakultas Ekonomi dan Ilmu Sosial dan Politik. Untuk tetap bersaing di pasar kerja Unismuh Makassar menggunakan tenaga dosen Yayasan dari berbagai Perguruan Tinggi Negeri. Status mahasiswa adalah pegawai negeri yang sudah bekerja dan mahasiswa murni.

Sejak berdirinya hingga saat ini, telah meluluskan alumni sebanyak 14.670 orang Sarjana, Akta, Diploma dan Pascasarjana. Sampai saat ini memiliki sejumlah 13.037 orang, dengan membina Tiga Program Pascasarjana, 6 Fakultas, 24 program studi jenjang Strata satu, Akta III & IV Serta Diploma Dua.