Balai Riset Perikanan Budidaya Air Payau dan Penyuluhan Perikanan berada di bawah dan bertanggung jawab kepada kepala badan yang menangani riset dan pengembangan sumber daya manusia kelautan dan perikanan.

Tugas:
BRPBAP3 mempunyai tugas melaksanakan kegiatan riset perikanan budidaya air payau dan penyuluhan perikanan

Fungsi:

penyusunan rencana program dan anggaran, pemantauan, evaluasi, dan laporan;
pelaksanaan riset perikanan budidaya air payau di bidang biologi, reproduksi, genetika, bioteknologi, patologi, toksikologi, ekologi, nutrisi dan teknologi pakan, pemetaan dan lingkungan, plasma nutfah, serta analisis komoditi;
pengembangan teknologi penelitian perikanan budidaya air payau;
penyusunan materi, metodologi, pelaksanaan penyuluhan perikanan, serta pengembangan dan fasilitasi kelembagaan dan forum masyarakat bagi pelaku utama dan pelaku usaha;
penyusunan kebutuhan peningkatan kapasitas penyuluh Pegawai Negeri Sipil (PNS), swadaya, dan swasta;
pengelolaan prasarana sarana riset perikanan budidaya air payau dan penyuluhan perikanan; dan
pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga.